Fase IOD Negatif terjadi ketika suhu permukaan laut di barat Sumatera menjadi jauh lebih hangat dibandingkan perairan timur Afrika. Kondisi ini mengundang angin yang membawa uap air berkumpul di atas Samudra Hindia sebelah timur dan wilayah daratan. Suhu hangat mempercepat penguapan, menghasilkan pertumbuhan awan cumulonimbus yang masif. Hasil akhirnya adalah peningkatan curah hujan ekstrem, khususnya di pulau Sumatera, Jawa, dan Kalimantan, yang sering berujung pada ancaman banjir bandang dan tanah longsor.